婴儿智力低下的原因很多，总的来说，可以分为真性智力低下和假性智力低下两种。假性智力低下，虽然智力发育迟缓，但是神经系统没有明显的损害，在消除致病原因后智力会恢复到正常水平。真性智力低下如能早期识别和治疗，智力还有恢复的希望。前者多是和疾病以及环境营养有关，后者多于遗传有关。
1.遗传
遗传因素是导致重度智力低下的主要原因之一，在发达国家由遗传疾病所致的智力低下占重度智力低下总数的一半以上。
2.感染和难产
出生前原因孕妇妊娠前4个月若感染风疹病毒，流感和其他病毒性疾病，对胎儿和婴儿危害极大，可造成胎儿先天畸形和智力障碍。
3.疾病
先天愚型又称唐氏综合征，是由于染色体异常造成的。呆小病又称先天性甲状腺功能不全。由于甲状腺发育异常不能合成甲状腺素，影响了大脑发育所致。苯丙酮尿症是由于酶的缺陷，摄入的苯丙氨酸代谢受阻，引起脑细胞功能障碍。猫叫综合征是由于体内染色体出了问题。
4.社会以及家庭心理因素
早期社会隔绝、情感人为剥夺、缺乏母爱、无人照料、文化闭塞、不适当的教导方式等均可影响孩子的智力水平。在社会经济地位高、家庭结构稳定、母亲受过良好教育的家庭中，儿童的智力水平高于那些相关条件差的孩子。其他因素如大家庭、多子女、出生间隔时间短、双生子和父母离异等，均对儿童的智力发育有直接影响。
5.地理环境孕妇缺碘是影响胎儿正常发育的重要因素之一。
放射线无论是X线或其它放射线，均可使胚胎发育停止继而发生畸形。胚胎受放射线影响的程度取决于放射线种类和剂量、受照射时的发育阶段、胚胎对放射线的敏感性。
噪音噪音中对胎儿的影响主要表现在对胎儿发育、胎儿反应以及致畸作用等方面。
重金属如铅含量过高，易发生不孕、自然流产、生产低体重儿，其婴儿则有发育迟缓、智力低下等表现。
6.营养
研究表明，孕期营养不良是宫内胎儿生长迟滞的主要原因之一。凡母亲营养不良者，小儿体格发育均明显迟缓，这类小儿常伴有智能低、行为障碍或其他方面的障碍。
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